Til þess að vernda vatnsgæði, þá kveða íslenskar reglur á um að skólp þurfi að vera hreinsað áður en því er veitt í viðtaka (ár, vötn, sjó). Á síðustu tveimur áratugum hafa verið byggðar skólphreinsistöðvar í þéttbýli, og rotþrær fyrir hús í dreifbýli. Þessi hreinsivirki minnka magn lífrænna efna, sem geta leitt til ofauðgunar og súrefnisþurrðar í yfirborðsvatni. Jafnframt eyða þau örverum sem geta leitt til veikinda ef þær leynast í drykkjarvatni.
Skóphreinsistöð í þéttbýli flokkast í þrjár megin gerðir:
- Fyrsta stigs hreinsun, eða aflfræði- (og efnafræðileg) hreinsun. Efni á föstu formi eru aðskilin vatni með notkun rista, flot- og setgryfja og fyrsta stigs settanka. Skólphreinsun í Reykjavík og Akureyri fellur undir þessa gerð hreinsunar.
- Annars stigs hreinsun, eða líffræðileg hreinsun með hjálp örvera. Örverur innbyrða uppleyst næringar- og lífræn efni úr skólpinu. Örverunni er safnað saman í settanki. Mismunandi útfærslur á Íslandi voru kynntar á málþingi VAFRÍ 2012.
- Þriðja stigs hreinsun, með sér hreinsiþrepi til að lágmarka magn næringarefna. Þessari aðferð er ekki beitt á Íslandi, en er algeng í vestrænum ríkjum þar sem viðtaki ber vott um ofauðgun.
Lokaskref í skólphreinsun er sótthreinsun, þar sem örverur eru eyddar með klóri, útfjólubláu ljósi eða síun.
Gæði skólphreinsunar er metið út frá mælingum á efnainnihaldi inn- og útrennslis.
Lagt er mat á:
- Minnkun gruggs (eða fastra efna)
- Minnkun líffræðilegrar súrefnisþarfar, skammstafað BOD á ensku. Þetta er mælikvarði á magni lífrænsniðurbrjótanlegs efnis í skólpi, sem getur valdiðsúrefnisskorti í vatnavistkerfum.
- Minnkun á næringarefnum, þ.e. fósfór og nitri
- Minnkun á saurkóligerlum