Vatnsgæði geta rýrnað vegna landnýtingar og náttúruhamfara.  Helstu gerðir vatnsmengunar eru:

• Saurgerlamengun.  Í saur fyrirfinnast sjúkdómsvaldandi örverur sem geta valdið hættulegum sjúkdómum, eins og taugaveiki og kóleru. Fyrir „hreinlætis“ byltinguna á 19. öld drógu þessir sjúkdómar marga til bana, sérstaklega börn og veika einstaklinga. Aðskilnaður vatns- og fráveitna var lykilskref til þess að draga úr kross mengun milli vatnsbóla og skólps.
• Lífrænt niðurbrjótanleg efni er samheiti yfir lífræn efni sem rotna fyrir tilstuðlan loftháðra örvera. Dæmi um slík efni er saur í skólpi. Hætta er á að örverurnar klári súrefnið í vatninu, og þar sem flestar vatnalífverur þurfa súrefni til þess að lifa af, þá getur þetta leitt til þess að stór hluti vistkerfisins deyr.
• Næringarefni, bæði nitur og fósfor, geta valdið ofauðgun í vatni.  Frumframleiðsla vex, og þegar frumframleiðendurnir deyja skapast mikið magn af lífrænt niðurbrjótanlegu efni (sjá að ofan). Næringarefnin geta átt uppruna sinn í áburði, skólpfrárennsli, útblæstri frá bílum og/eða iðnaði því við bruna eldsneytis myndast nituroxíð (NOx).
• Þungmálmar fyrirfinnast í ofanvatni sem rennur af þökum og götum. Sink er í bárujarni, sem er vinsælt þakefni á Íslandi.  Blý getur verið í þakmálningu.  Kopar og króm berast út í umhverfið við slit vélarhluta og bremsuborða, meðan sink, blý og kadmíum berast við dekkjarslit.
• Olíumengun.  Olía getur lekið frá farartækjum, eða geymslustöðum olíutanka. Olíuslys geta orðið þegar olíubílar velta eða flugvélar hrapa.  Slík slys geta bæði mengað yfirborðs- og grunnvatn.
• Eitruð lífræn efna sambönd, eins og fjölhringa vetniskolefni (skammstöfuð PAH á ensku) og fjölklóruð bífenýl (e. PCB) sem var áður bætt í málningu.
• Brennisteinsoxíð losna út í umhverfið við bruna eldsneytis, bæði í iðnaðarframleiðslu (sér í lagi kolaverum) og frá umferð.  Brennisteinsoxíðin í loftinu hvarfast við vatn, og falla niður til jarðar í formi „súrs regns“.  Þetta getur leitt til súrnunar vatnavistkerfa.

Íslenskt drykkjarvatn hefur alþjóðlega sérstöðu hvað varðar tærleika og lágt efnainnhald. María Jóna Gunnarsdóttir hefur skrifað fjölda vísindagreina á því sviði.